ye11owtai1’s blog

明日は休み

Raptor Lake への感想

先日大枚をはたいてintel 13thでの自作PCを行ったのですが、早速後悔しています…

というのも13900KFは24C、32Tという家庭用PCには十分すぎるスペックを持っているのですが、その中身はPコア×8+Eコア×16というAlder Lakeに続くハイブリッド仕様で、AVX-512に対応していません

※AVX-512とはCPUの拡張命令セットのことでAVX-2(256bit)の後継にあたり、512bitのベクトル処理ができる。そのため科学シミュレーション分野では大幅に性能向上が見込まれているらしい。

正直計算化学や機械学習用途でPCパーツを新調していたので、ショックが大きいとともに、自分のリサーチ不足に苛立ちを覚えています。

もしこの記事を読んでいる人でRyzen 7950XとIntel 13900Kで迷っている人がいたら、科学分野の人であれば前者を選ぶべきです。7950XはAVX-512に公式対応していますし、Intelで言うところのPコアを16基も搭載しています。(さらにAMDはZen4シリーズの価格を見直していて、発売当初の9月と比べるとかなり安くなってきました。)

 

価格が落ち着いてきたとはいえ未だにコスパの悪いDDR5にしか対応していない点や、自分の持っているnvidiaのグラボとAMDのCPUを組み合わせなければならない点が気に入らなかったので、Intelでよかったと自分に言い聞かせるしかないですね…

 

気を取り直して、パワーアップしたPCでやることリストをあげておきます。

・wsl2のinstall、GROMACSのコンパイル

・外出先でmacからWake On Lanしてリモートデスクトップ()

CPU-Zを使ってPコアのみを計算化学ソフトに割り当てる

 

あと消費電力などの観点からやはり電源が750Wでは足りないと判断したので、

Corsair HX1000

という1000W電源に変えました。

また、メモリはPatriotのviperで32GB×4にしようと思っていたのですが、しばらくして使えなくなったというレビューが散見されたので

Crucial 3200MHz 32GB×4

にしました。メモリにヒートシンクがついていないのが心許ないですが、メモリOCは予定していないので良しとします。

 

また初代自作PCには10100FとGTX 1660 Superを取り付けたので、こっちも遊んでいきたいと思います。(使えそうなら研究室に連れて行こうかな)

ウルトラワイド曲面ディスプレイ

AmazonBlack Fridayセールというものをやっているそうです。もともとピルグリムファーザーズの最初の収穫を祝う(とされている)感謝祭がアメリカで毎年11月の第四木曜日に行われているそうで、感謝祭気分の抜けないまま翌日金曜日も休みになることが多いそうです。消費者のお祭り気分に付け込んだ小売業者がこの日にセールを行うことで一年で最大の売り上げを目指す日と化したそうですが、GAFAの一角であるAmazon運送業者をこき使って我々消費者からお金を巻き上げようとしているわけです。

 

逆張オタクの自分としてはブラックフライデーに乗るものかと思ってyahooショッピングでLGの34インチウルトラワイド曲面ディスプレイ(34WQ75C-B)をポチりました。

大学入学以来使い込んできた外部モニターの24インチFHDディスプレイ(Dell P2419HC) ですが、さすがに小さいと感じるようになってきたので前々から気になっていたワイドモニターを試してみることにしました。

P2419HCですが、3年前のモデルとはいえ、非ゲーム用途では24インチディスプレイの解と言っても過言ではありません。

USB3.0ポート×2、Display Port、HDMI、USB type-Cという必要十分なインターフェース。さらにもう一枚P2419HCがあればtype-Cケーブルでつなぐことでデイジーチェーンによってお手軽デュアルディスプレイが可能です。しかもDellドット抜け保証してくれるので初期不良品を引いても泣き寝入りしなくて済みます。これで価格も2万円前後なので本当に文句の付け所がないです。

かれこれ2年半お世話になったDell P2419HC

34インチでWQHDとなるとかなり値が張るのですが、最近はINNOCNという中華メーカーが格安ディスプレイを売りに出しています。こっちも気になっていたのですが、やっぱりディスプレイはDellかLGと決めていたので、円安でDell製品が高くなっていたこともあってLGのディスプレイを買うことにしました。

個人的にはtype-C接続は外せない条件だったので34WQ75C-Bにしました。

 

セットアップ後はこんな感じ

LG 34WQ75C-B... 横幅は80㎝ちょっと

曲面ディスプレイ、思っていた以上に見やすいです。

 

 

二代目自作PC

研究室に行っている間にネットで注文していたCPUとマザーボードSSDが届いたので早速組んでいきます。

MSI Z790 MAG TOMAHAWK WIFI DDR4, 13900KF, WD SN770 2TB

普通OS入れるCdriveは、起動を速くするために小容量で高速なSSDを用いる場合が多いと思いますが、今回はGAMESSをCdriveにインストールして仮想メモリとしてCdriveを利用することを想定しているため2TBのものを購入しました。

cpuはGPUのついていないFシリーズを購入したわけですが、これはそもそもこのグレードのパーツでPCを組む人は漏れなく高性能なGPUと一緒に運用するというのと、cpuに入っているgpuを使うことになっても温度が上がってcpuのサーマルスロットリングに加担してしまうのではないかと考えたためです。(とは言え、Kのみのモデルの方が人気があるのでリセール価格などを考えると13900Kを買うのもありだと思います)

マザボ付属品

MSIのドラゴンのロゴが入ったUSB(諸々ドライバーをインストールする用)が付属しているのは嬉しいですね。ドラゴンのデザインは賛否両論あるようですが、個人的には虹色に光らなければカッコいいと思っています。

 

CPUの取り付け向き

LGA1200からLGA1700になって長方形になったことでCPUを取り付ける向きを間違えにくくなったように思います。

PCケースに戻して後はCPUクーラーを取り付けるだけと思ったのですが、、、

初代で使っていたCorsairのiCUE H100i RGB PRO XTという簡易水冷クーラーを移植しようとしたところリテンションキットにLGA1700用のネジが入っていないことに気づきました。仕方なくLGA1200のものをつけたところわずかにCPUとクーラーの間に隙間が生じています。CPUクーラーを新調するのもしゃくなのでグリスを大量に塗りたくって応急処置としましたが、このままではOCできないのでAliexpressで4本で1000円もするネジをポチりました。

https://ja.aliexpress.com/item/1005004547001768.html?spm=a2g0o.ppclist.product.2.7283V4QtV4Qt66&pdp_npi=2%40dis%21JPY%21%EF%BF%A5%201%2C596%21%EF%BF%A5%20893%21%21%21%21%21%402101f6b816694555346681584e1a5b%2112000029564373152%21btf&_t=pvid%3Ab50c3ddb-03cd-42cf-bcab-f37cbd726ea4&afTraceInfo=1005004547001768__pc__pcBridgePPC__xxxxxx__1669455534&gatewayAdapt=glo2jpn

 

メモリはとりあえず、初代で使っていたCrucialの3200MHz 16GB×2枚を挿しておきました。

 

OSはubuntuを入れようと思っていたのですが、初代の時のWindows ライセンスがそのまま引き継げることが分かって、尚且つ11へのアップデートが現在(2022/11/25)無料ということもあるのでやっぱりWindowsを入れることにしました。gromacsはwslで使うことになりそうです。

 

リテンションキットはよ来い~

 

 

Black Friday

二回目の投稿になります。

 

先日家のデスクトップPCでgamessを使用したab initioを行っていたのですが、物理メモリが不足して途中で計算が止まってしまうということがありました。

スペックは

CPU…core i7 10700K

GPU…RTX 3060ti

RAM…Crucial DDR4 3200MHz 16GB ×4

ROM…PCIe Gen3 M.2 SSD 1TB

マザボMSI Z490 Gaming Carbon WIFI

 

原子数200を超える分子に対してB3LYPに分極関数や分散関数をつけ出すととてもじゃないですが、RAM 64GBでは足りないです。夏にはOCしてGROMACSを使用した粗視化MDシミュレーションなんかもやったので、3世代前の8 core CPUじゃ物足りないと感じていました。

参考までに、使用していたソフトは

DFT・MD…GAMESS, Firefly, MOPAC, NWChem(wsl), Gromacs(wsl)

分子モデリング…Avogadro, Molby, MacMolPlt, Open Babel

ジョブ管理…MoCalc2012, Fico, Winmostar

構造式描画…ChemDraw

プレゼン挿絵…Blender

あたりです。

ということで、自宅で計算化学をしたい人向け(需要?)に自ら人柱になって自作から計算までの過程を投稿しようと思います。

 

今の所構成は以下を予定しています。

CPU…13900KF (90k)

GPU…RTX 3060ti

RAM…Patriot viper steel DDR4 3600MHz 32GB×4 (55k)

ROM…PCIe Gen4 M.2 SSD 2TB (28k)

マザボMSI Z790 MAG TOMAHAWK DDR4 WIFI (45k)

延べ初期投資 ca. 220k

初代自作PCを分解するのは何だか寂しいです…(メルカリでCPU売却済み)

 

これ多分OCしたら750W電源じゃ足りなさそうなので電源買い足さないといけないかもです。OSは今までWindowsを使っていたのですが、用途が卍計算化学卍なのでLinuxディストリビューションubuntuあたりにしようと思います(Chem Drawが使えないのは痛いですが)。そうでなくてもパッケージ管理のしやすさや、セキュリティの観点からもLinuxの方が分があるでしょう。何よりOS代が節約できます。

 

パーツが届くのが待ち遠しいです。

プロローグ

現在大学生をしている、Reiです〜

研究生活が始まったばかりで、覚えることが多いので備忘録としてブログを始めることにしました。研究以外の趣味などに関する投稿もしていきたいと思います。

学部は生命科学系ですが、研究室は有機合成系統で現在は分析化学ばっかりやっています。専門分野は?、、、という感じですが、ざっくり化学が好きです。

 

ちなみに今日はHPTSを使ったリポソームのイオン透過の実験を行いました。

Pyranine(通称HPTS)…励起波長460nmの蛍光pH指示薬

リポソームの膜にモノを入れて、リポソーム内外でプロトン濃度勾配をつけます。もしモノがイオンを透過するようだったら、プロトンが共輸送されることでリポソーム内のpHが変化し発光スペクトルの強度が変化するという仕組みです。

モノが溶けにくいと脂質膜にモノが均一に入りづらく、データの再現性もとれなくなります。また測定したいアルカリカチオンが入ったbufferと塩基の濃度が正確でないと、これまたスペクトルの比較ができません。実際、今日測定したところ前日に調製したアルカリ塩基の濃度がおかしいことがわかり台パンしそうになりました塩基の調製をし直す羽目になりました…とほほ…

何かのイオンを通す再現性のあるデータがとれたら、次はパッチクランプ法による測定を行うことになります。

 

今週は研究室の主力メンバーが沖縄に研究発表に行ってしまうそうなので、分析機器を思う存分使えそうですwktk